善了寺は今から約500年前の室町時代、大永３年（1523）に釈正誓により開かれました。
江戸期、寛永10年（1633）に東本願寺の末寺となり、真宗寺院として阿弥陀如来像を安置し、善了寺を寺号とすることを許可されました。
以後、本堂ほかの伽藍を整えながら今に至り、現住職は第１６世となります。

旧本堂は築後１２０年ほどでしたが基幹部材の白蟻蝕害と老朽が著しく、また地震や台風の被害もあり、倒壊の危険が心配されるようになりました。
 平成8年より修復に向けて調査検討の結果、平成10年に新築を思い立ちました。

その後５年の歳月を経て平成１５年に完成。

本堂建立にあわせて納骨堂の新設、境内地の整備も行われました。